1. Chẩn đoán xác định

Chẩn đoán viêm đài bể thận cấp dựa vào quá trình bị bệnh, triệu chứng toàn thân, biểu hiện bệnh lý đường niệu, kết quả nuôi cấy nước tiểu giữa dòng, chẩn đoán xác định không khó.
Chẩn đoán nhiễm khuẩn bàng quang cấp dựa vào quá trình bị bệnh, triệu chứng cục bộ, triệu chứng của hệ tiết niệu, kết quả xét nghiệm nước tiểu, kết quả nuôi cấy nước tiểu giữa dòng, có thể chẩn đoán xác định.

2. Chẩn đoán phân biệt

1. Sỏi tiết niệu: Viêm đài bể thận cấp biểu hiện đau hông lưng hoặc đau bụng khi biểu hiện đường niệu bị kích thích không rõ ràng, cần chẩn đoán phân biệt với sỏi tiết niệu. Thông qua xét nghiệm nước tiểu, siêu âm, Xquang chụp bụng không chuẩn bị có thể giúp chẩn đoán phân biệt.
2. Viêm tuyến tiền liệt: viêm bàng quang cấp cần phân biệt với viêm tuyến tiền liệt. Viêm tuyến tiền liệt phần lớn xét nghiệm nước tiểu không có bất thường, kiểm tra tuyến tiền liệt thường quy giúp chẩn đoán phân biệt.
3. Sốt khác: viêm đài bể thận mạn phản ứng toàn thân xuất hiện đột ngột, khi biểu hiện đường tiết niệu không rõ ràng cần phân biệt với sốt do cảm mạo, thương hàn, nhiễm trùng huyết. Sốt do các nguyên nhân khác, ngoài sốt, còn có các biểu hiện triệu chứng đặc thù của từng bệnh, nuôi cấy nước tiểu giữa dòng giúp chẩn đoán phân biệt.